Ein Steuerstrafrechtsverfahren ist ein strafrechtliches Ermittlungsverfahren, mit dem die ermittelnde Behörde untersucht, ob gegen den Beschuldigten Anklage vor einem Gericht erhoben werden soll. Gleichzeitig ist ein Steuerstrafverfahren ein Verfahren, in dem die Finanzbehörde die zahlenmäßigen Grundlagen für eine Steuerfestsetzung ermittelt. Ob erhobene Vorwürfe, etwa eine Steuerhinterziehung begangen zu haben, berechtigt sind, wird im steuerstrafrechtlichen Ermittlungsverfahren geklärt. Das Ermittlungsverfahren wird in der Regel durch das Finanzamt durchgeführt, in Ausnahmefällen auch von der Staatsanwaltschaft. Ein Steuerstrafverfahren wird bereits dann eröffnet, wenn der Anfangsverdacht besteht, dass eine Steuerstraftat begangen wurde. Im Verlauf des Steuerstrafverfahrens ermittelt die Finanzbehörde, meist die Steuerfahndung, ob gegen den Beschuldigten Anklage erhoben werden soll. Dabei bedient sich die Steuerfahndung unter anderem der Mittel der Anhörung und der Durchsuchung sowie verschiedener Ermittlungsmaßnahmen. Häufige Maßnahmen sind das Vernehmen von Beschuldigten, das Vernehmen von Zeugen, die Durchsuchung von Wohnungen und Geschäftsräumen, die Beschlagnahme von Unterlagen und Auskünfte bei Banken und Herausgabeverlangen von Kontounterlagen.
Grundsätzlich endet das Ermittlungsverfahren mit der Erhebung der Anklage vor einem Strafgericht. Häufig greifen die ermittelnden Finanzbehörden jedoch zu alternativen Beendigungsmöglichkeiten. Sieht die ermittelnde Finanzbehörde die Schuld des Täters als gering an, so wird das Steuerstrafverfahren mit Zustimmung des Gerichts eingestellt. Liegt ein besonders schwerer Fall vor, so kann die Finanzbehörde das Verfahren nicht ohne Zustimmung der Staatsanwaltschaft einstellen. Auch die Einstellung des Strafverfahrens mangels ausreichenden Tatverdachts kommt im Steuerstrafrecht vor. Häufiger ist im Steuerstrafrecht eine Einstellung gegen Auflagen. Wenn das Ausmaß der Schuld dies zulässt, kann die ermittelnde Finanzbehörde von einer Klage absehen und dem Beschuldigten Auflagen und Weisungen erteilen, um das öffentliche Interesse an der Strafverfolgung zu beseitigen. Im Steuerstrafrecht ist das typischerweise die Zahlung eines Geldbetrages an anerkannt gemeinnützige Einrichtungen. Wird die Auflage erfüllt, kann die Tat nicht mehr verfolgt werden.